当地韶光 2020 年 3 月 30 日,浩瀚英美有名癌症研究机构在欧洲肿瘤内科学会官方刊物《肿瘤学年鉴》(Annals of Oncology)上联合在线揭橥了题为 Sensitive and specific multi-cancer detection and localization using methylation signatures in cell-free DNA(利用游离 DNA 中甲基化标记的灵敏、特异性多癌症检测和定位)的论文。
研究职员开拓出一种针对癌症的血液检测方法,可一次性准确检测出 50 多种癌症类型,并且可在患者涌现任何临床症状之前识别出癌症病灶。这一方法检测的假阳性率为 0.7%,也便是说该方法的癌症早期误检率还不到 1%,该检测方法终极可用于国家癌症筛查操持。
雷锋网理解到,研究职员紧张来自美国肿瘤学(US Oncology)、梅奥诊所、丹娜法伯癌症研究院、格利克曼泌尿与肾脏研究所、英国弗朗西斯克里克研究所及伦敦大学学院癌症研究所。
关注癌症早期诊断
人们常常谈癌色变,一方面我们无法完备理解癌症的病因,另一方面癌症不仅会给患者带来生理上的痛楚、精神和经济上的包袱,癌症患者的存活率一贯以来也很低。
目前而言,根据肿瘤发生的不同部位和性子,对癌症的常规诊断办法紧张包括对患者临床表现与体征的综合剖析、实验室检讨、影像学和细胞病理学检讨。在此根本上,年夜夫还会进一步理解肿瘤的范围和程度,以便拟定治疗方案和评估预后。
遗憾的是,大多数情形下,癌症一经确诊已是中晚期,这是由于癌症的发病一样平常较为隐匿,大部分癌症在早期都并没有很范例的症状。体重减轻、发低烧、疲倦等可能是癌症早期的表现,很随意马虎被年夜夫、患者忽略。
因此,对癌症的早期诊断虽是小概率事宜,但已成为“殊效疗法”。天下卫生组织曾给出威信性结论:癌症如果能早期创造,治愈率可达 80%。
2019 年 10 月,英国癌症研究会宣告与剑桥大学、伦敦大学学院、斯坦福大学等机构共同成立了“癌症早期检测国际同盟”,旨在开拓新方法、技能,提升早期癌症诊断能力,提高病患存活率。该同盟曾表示将在多方面进行科研互助,包括开拓新的成像技能与医用机器人等等。
实际上,血芯片检测、基因检测、纳米检测、TTM、PET CT 等一系列方法已被用于进行癌症早期诊断。但当前仍缺少空想的异质性较强的早期诊断方法——肿瘤异质性紧张是指患者不同部位肿瘤突变信息可能存在差异,乃至有时同一肿瘤内的肿瘤细胞突变信息也存在差异。
在此根本上,「液体活检」(liquid biopsy)应运而生。
液体活检与 cfDNA
提及组织活检,很多人可能并不陌生。通过切取、钳取或穿刺等办法从患者体内取出病变组织,进行病理学检讨,绝大多数时候都能做出明确的组织病理学诊断。
那么什么是液体活检呢?
所谓液体活检,是指利用患者体液作为样本进行检测,从而获取干系疾病的信息。个中,体液包括血液、尿液、唾液乃至脑脊液,可对应检测肺癌、前列腺癌、头颈部癌症和中枢神经系统肿瘤疾病。
雷锋网理解到,液体活检技能曾被《麻省理工科技评论》评为 2015 年度十大打破技能之一。
比较传统的组织活检,液体活检上风明显:
副浸染小、非侵入式、可重复取样:传统活检对病人体质哀求较高,而且可能会引起并发症;
无需影像学支持:传统活检常日要先依赖影像学(CT、MRI、超声波等)支持,创造、定位肿瘤的确切大小、位置后进行穿刺;
有效应对肿瘤异质性:传统活检的样本中可能涌现部分肿瘤信息缺失落的情形。
事实上,大部分人可能都听说过的无创 DNA 产前检测(NIPT)也是一种液体活检,仅仅采纳孕妇静脉血,通过新一代 母体外周血中胎儿游离 DNA 的检测,就能较为有效地进行胎儿的染色体检测,或获取胎儿的患病信息(比如唐氏综合征)。
不丢脸出,无创 DNA 产前检测用到的方法是游离 DNA(cfDNA,cell-free DNA)检测。
值得一提的是,cfDNA 检测也是一种很有效的癌症检测方法,其详细事理是:
在康健人的血浆中,cfDNA 来自于凋亡细胞,不来自于坏去世细胞,而癌症患者血浆中的 cf-DNA 不仅来自于凋亡细胞,还来自于肿瘤细胞主动开释出的 DNA 及肿瘤细胞坏去世溶解开释出的 DNA。
据理解,常日情形下,肿瘤将 DNA 开释到血液中就形成了 cfDNA,但由于体内其他类型的细胞也可能会形成 cfDNA,因此会给癌症检测带来一定的滋扰。
癌症早期误检率不到 1%
针对这一问题,上述研究团队的目光聚焦于 cfDNA 的甲基化水平,旨在以较强的异质性检测、定位出处于各阶段的多种癌症类型——DNA 甲基化是指 DNA 化学润色的一种形式,能够在不改变 DNA 序列的条件下改变遗传表现。DNA 甲基化常日会抑制基因表达,DNA 甲基化非常及其造成的基因表达的变革将促进肿瘤的成长,因此剖析 cfDNA 甲基化有利于检测和定位癌症。
详细来讲,研究团队将 6689 名参与者中的 2482 例癌症患者(癌症类型超过 50 种)和 4207 例非癌症患者分为演习组和对照组,对参与者的血浆 cfDNA 进行亚硫酸氢盐测序。这一检测紧张针对人类基因组中 3000 万个甲基化位点中的大约 100 万个。
研究团队通过对参与者进行抽血,便可识别出 50 多种类型的癌症、所处阶段及癌变起源的组织。从未患癌症(下图上半部分)、患癌症(下图下半部分)的血液样本等分离 cfDNA,并进行靶向甲基化测序剖析。
随后,研究团队将识别甲基化(赤色部分)或未甲基化(蓝色部分)的测序结果作为输入变量,输入机器学习模型,来详细进行识别。
雷锋网理解到,该研究用到的机器学习模型基于一个 cfDNA 癌症和非癌症旗子暗记甲基化数据库进行演习。这一数据库被认为是目前天下上最大的甲基化数据库,由美国癌症早筛公司 GRAIL 供应。
实际上,GRAIL 首席实行官 Hans Bishop 也曾表示:
GRAIL 正处于癌症早期检测转变的最前沿,我们将通过启动首个干预性研究将泛癌种检测纳入临床实践。我们正与领先的医疗保健系统互助,以得到对泛癌种早期检测临床运用的主要见地。
该研究结果表明:
异质性为 99.3%[95% 置信区间:98.3%-99.8%;假阳性率 0.7%];
在最为致命的 12 种癌症类型(肛门、膀胱、结肠/直肠、食道、胃、头和颈、肝/胆管、肺、卵巢、胰腺)中,I–III 期真阳性为 67.3%(置信区间:60.7%-73.3%);
在 50 多种癌症类型中,第一阶段真阳性为 18%(置信区间:13%-25%),第二阶段为 43%(置信区间:35%-51%),第三阶段为 81%(置信区间:73%-87%),第四阶段为 93%(置信区间:87%-96%)。
可见,这一研究在原来的癌症早筛方法上有了新打破,正如《肿瘤学年鉴》主编 Fabrice André 教授所说:
这个研究具有里程碑式的意义,为开拓易于实行的筛核对象开了先河。尽早创造超过 50% 的癌症,每年可以挽救环球数百万人的生命。
引用来源:
[1] https://doi.org/10.1016/j.annonc.2020.02.011
[2] https://www.eurekalert.org/emb_releases/2020-03/esfm-bta032720.php
[3] https://www.newscientist.com/article/2239011-blood-test-shows-promise-for-detecting-the-deadliest-cancers-early/
[4] http://www.seqchina.cn/11477.html