jsp中回车常用生物学软件的安装与运用三Primer6

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PCR反应是分子生物学最基本的实验之一，影响PCR结果的紧张成分之一便是引物设计。
前两期

安装Java掌握台

jsp中回车常用生物学软件的安装与运用三Primer6 Vue.js

由于软件的补丁是一个Java程序，安装软件之前须要在电脑中安装Java掌握台。
网址是

http://java.com/zh_CN/download/manual.jsp（可能须要翻一下才能进入），把稳32/64位的要区分开来，可进入自己的电脑属性里边查看自己的电脑位数并下载对应的Java，下载好后安装，安装完成后最好重启下电脑。

如果大家的电脑是64位系统，并且恰好安装有360的话（真的不是打广告~），也可以直接在360软件管家中搜索Java，直接安装一个Java掌握台。

图片来源：软件截图

安装Primer6

软件解压后会有三个文件，Primer6的安装包PP600Installer和激活补丁Patcher，还有一个解释文档crack。
直接点击PP600Installer安装，须要把稳的是，一定要将软件安装到以下路径C:\Program Files。
尤其是64位系统，不要直接安装到Program Files（x86）。
安装完成后先关闭软件。

图片来源：软件截图

安装补丁

将上述激活补丁Patcher文件复制到以下文件夹

C:\ProgramFiles\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600。
大家可以在C盘【Program Files】文件夹下新建【http】文件夹，然后在【http】文件夹下再新建【Dwww.premierbiosoft.com】文件夹，以此类推，末了将Patcher文件复制进去即可。
对cmd命令行熟习的朋友也可以考试测验用cmd命令行进行操作。
（32位系统按照以下路径操作【C:\Program Files\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600】）

末了重点来了，完成上述步骤后，以管理员身份运行cmd。
方法是左下角搜索cmd，单击鼠标右键，选择以管理员身份运行。

图片来源：软件截图

打开cmd命令行后，先输入Java命令，若涌现以下界面则解释电脑中已顺利安装Java。

图片来源：软件截图

然后连续在光标后面输入以下命令：

cdC:\ProgramFiles\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600，回车，之后在出来的界面后边输入java -jar patcher.jar，看到cmd中涌现Done，解释软件就已经顺利激活了。
（32位系统相应的命令改为cd C:\Program Files\Primer Premier6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600）

图片来源：软件截图

02软件利用

软件界面

Primer6的界面相对付Primer5改动较大，紧张包括主菜单，工具栏和序列栏三部分。

图片来源：软件截图

引物设计

单击菜单【File】→【New】→【Sequence】，将须要设计引物的序列粘贴进去，点击【Add】，即可导入序列。

图片来源：软件截图

点击工具栏中的引物设计按钮，设置好Tm值，引物长度，扩增产物长度等参数，有须要的话也可以在高等设置中选择更多其他参数。
设置好后点击Search，即可天生引物。

图片来源：软件截图

引物天生后会涌现引物的详细信息，包括引物序列、位置、长度、Tm值等信息，并在序列窗口标出了详细的信物位置。
点击All Primers，则会涌现更多的引物序列，点击All structures则会显示引物可能形成的引物二聚体（Self Dimer）、发卡构造（Hairpin）、引物错配（Cross Dimer）、自由能（△G，自由能越小越稳定，因此△G越大引物效果越好）等信息。
常日我们选择默认的引物即可。

图片来源：软件截图

03在线引物设计

鉴于Primer6的安装相对繁芜，这里

Primer 3

(https://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)

Primer3的操作与上述Primer6的操作基本同等，粘贴序列后，常日只须要选择引物长度即可天生引物。
输出的结果中也含有引物序列、长度、Tm值等信息。

图片来源：软件截图

Primer-BLAST

(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast)

这是NCBI网站中的引物设计工具，操作与Primer3基本同等，

图片来源：软件截图

结语