中国中医科学院中药研究所陈士林研究团队依据多国药典收录的草药物种，完成GPGD培植并上线。该数据库紧张依据《中华公民共和国药典》《美国草药典》《日本药局方》《韩国药典》《印度药典》《埃及药典》《欧洲药典》及《巴西药典》等收录903个草药物种的34346条数据，是环球首个针对药典收载草药物种的大型基因组学数据库，可为草药物种鉴定、用药安全、药效身分生物合成路子解析、优秀品种分子育种等方面供应信息支撑。
研究背景
传统草药在环球已有数千年运用历史，现在仍为环球85%旁边人口的紧张药物来源，1981—2019年新批准的药物近一半来源于天然药物或类似物，在世界卫生组织发布的环球共60部官方药典中，42部（占比 70%）包含草药或天然产物。在新冠肺炎疫情中，传统中药在减轻症状、减少重症率和去世亡率上发挥了主要浸染。
国际欧亚科学院院士、成都中医药大学首席教授陈士林先容“千种本草基因组操持”研究背景。
为了加强传统草药的研究和运用，研究职员开拓了基因DNA条形码的草药物种鉴定方法，通过全基因组测序解析关键药效身分的生物合成路子，通过分子赞助育种快速选育优秀品种。对中药进行基因测定，可以担保中药的纯洁，通过遗传和育种的方法，能够产出道地药材，扩大中药资源，缓解目前中药材紧张、价格昂贵、药材质量参差不齐等问题。
随着中药基因研究的推进及测序技能的不断发展，中药基因组数据迅速增长，而数据格式分歧一、存储于多中央等问题限定中药基因组数据的运用，建立统一的、全面的中药基因组学数据库势在必行。
研究方法及结论
基于环球八大药典的草药物种信息，包括《中华公民共和国药典》《美国草药典》《日本药局方》《韩国药典》《印度药典》《埃及药典》《欧洲药典》及《巴西药典》，网络或新产生草药多层面的基因组干系数据。目前已网络903个草药物种的34346条数据，包括 867 个物种的21872条DNA 条形码数据，674个物种的 2203个细胞器基因组，以及49个物种的55个全基因组数据等。所有数据进行统一格式化并开拓、嵌入多个数据挖掘/剖析工具。
对付物种、基因等信息开拓了模糊搜索工具；基于 DNA 条形码数据，开拓了物种鉴定工具；基于基因组序列及基因注释信息，开拓了序列 BLAST搜索、序列抽取、内嵌基因组数据浏览器 JBrowse 等工具。该数据库将连续网络草药组学干系数据、开拓更多剖析工具。
GPGD 以网页形式进行展示，数据 库 网 站 为Linux+Apache+MySQL+PHP 架 构 ，目前可通过 http：//www.gpgenome.com 进行公开访问。GPGD 可做事于草药物种鉴定、关键次生代谢路子解析及优秀品种的分子赞助育种等方面。
研究代价
该数据库是环球首个针对药典收载草药物种的大型基因组学数据库，有效地将草药基因组数据统一整合，并供应不同层面的草药基因组学干系数据及剖析工具，提升草药基因组数据代价，将为草药物种鉴定、用药安全、药效身分生物合成路子解析、优秀品种分子育种等方面供应极大的便利。
社会代价
该数据库由国家重点研发操持项目支持，上线以来社会访问量已经达到10万次，日均超过500次。已与中医药院校、综合性大学、农业大学及科研院所30余家共享了部分数据。
研究团队
中国中医科学院中药研究所陈士林团队
干系论文于2021年6月在Science China-Life Sciences揭橥
责编：林敬
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